Emmanuel Van Kerckhoven begann im Alter von fünf Jahren mit dem Orgelspiel.  Er schloss sein Studium an der Codarts, Universität der Künste in Rotterdam, in den Fächern Orgel und Kirchenmusik mit Auszeichnung ab. Er ist Organist an der Kirche Sint-Carolus-Borromeus und an Sint-Norbertus in Antwerpen. Als Konzertorganist spielt er im In- und Ausland. Er ist als Berater an mehreren Restaurierungsprojekten historischer Orgeln beteiligt.