Masako Honda wurde in Japan geboren wo sie das Studium der westeuropäischen Geschichte abschloss. In Belgien erwarb sie das Meisterdiplom bei Joris Verdin am Königlichen Flämischen Musikkonservatorium in Antwerpen. Während ihrer Ausbildung hatte sie die Gelegenheit intensiv Barockmusik zu studieren bei Theo Jellema am Konservatorium in Groningen. 2002 erwarb sie das Diplom Konzertsolist mit der größten Auszeichnung. Zurzeit ist sie Organistin an der Sankt-Laurentiuskirche (Antwerpen), Sankt-Lambertuskirche (Ekeren) und der Dominikanerkirche (Brüssel). Neben ihrem Tätigkeit als Lehrerin gibt sie Konzerte in In- und Ausland.